• Alexander II (tại vị:1574-1601, phục vị:1602-1605)

Năm 1601, Alexander II bị chính con trai mình, David I lật nhào, David I tận dụng căn bệnh của cha mình và giành được quyền kiểm soát hiệu quả của chính phủ, gạt người em trai George sang một bên.[65] Khi Alexander II bình phục, David I từ chối trao trả quyền lực và buộc cha mình phải thoái vị rồi vào tu viên ở vào tháng 10 năm đó, David I lên ngôi vua của Kakheti.[66] Tuy nhiên anh trai George đã chủ mưu một âm mưu nhanh chóng sụp đổ và dẫn đến đàn áp, David I đã bị George cầm tù trong khi mười bảy người ủng hộ ông ta bị xử tử vào ngày 2 tháng 10 năm 1602, Alexander II đã có thể nối lại ngai vàng.[67]

• Temuraz I (tại vị:1605-1614, phục vị:1615-1616, tái phục vị:1625-1633, hựu tái phục vị:1636-1648)

Năm 1614, Temuraz I mất ngôi vua bởi sự xâm lược từ đế quốc Ba Tư, khi lưu vong ở Imereti, ông đã cùng với George III của Imereti gửi thư cho Sa hoàng Michael của Nga, thông báo cho về sự phản đối của họ đối với shah Iran và yêu cầu viện trợ.[68] Tuy nhiên, người Nga đã không chuẩn bị và không có ý định can thiệp vào các vấn đề của Kakheti, các quý tộc Kakheti tập hợp lại phía sau David Jandieri và nổi dậy chống lại đế quốc Ba Tư vào ngày 15 tháng 9 năm 1615.[69] Cuộc nổi loạn nhanh chóng lan sang Kartli, và các quý tộc Gruzia đề nghị Teimuraz I làm vua của miền đông Georgia, nhưng Shāh Abbās Đại đế của Ba Tư dẫn đầu cuộc xâm lược tiếp theo vào năm 1616, cuộc nổi dậy đã bị hủy diệt và Teimuraz I một lần nữa chạy trốn đến miền tây Georgia.[70] Trong những năm tiếp theo, Teimuraz I tiếp tục tìm kiếm và khai thác viện trợ của Nga và Ottoman chống lại Ba Tư và vẫn là một điểm tập hợp để phản đối Safavid, khuyến khích các đối tượng của mình từ chối người thay thế Hồi giáo cho ông.[71] Đồng minh Gruzia trước đây của người Ba Tư là Giorgi Saakadze đã tham gia cuộc nổi dậy của Teimuraz I, nhờ đó đã dẫn dắt Gruzia đến một chiến thắng trước quân đội Ba Tư do tướng Qarachaqay Khan lãnh đạo trong trận Martqopi vào ngày 25 tháng 3 năm 1625.[72] Giorgi Saakadze tiếp tục tiêu diệt những người di cư Thổ Nhĩ Kỳ, tiếp đó phục hồi Teimuraz I làm vua của vương quốc liên hiếp Kartli và Kakheti, Shāh Abbās Đại đế thất bại trong việc đè bẹp cuộc nổi dậy mặc dù chiến thắng đắt giá trước người Gruzia trong trận Marabda vào ngày 1 tháng 7 năm 1625.[73] Đối mặt với sự kháng cự của du kích ở vùng cao nguyên Georgia, Hoàng đế Ba Tư đành miễn cưỡng công nhận quyền cai trị của vua nổi loạn, như vậy Temuraz I lên ngôi lần thứ ba.[74] Năm 1633, Temuraz I đã che chở cho anh rể Daud Khan (thống đốc Ba Tư của Ganja và Karabakh của người Gruzia), người đã trốn khỏi cuộc đàn áp của Sam Mirza đối với gia đình của anh trai ông Imam-Quli Khan, thống đốc có ảnh hưởng của Fars, Lar và Bahrain.[75] Teimuraz I từ chối đầu hàng kẻ chạy trốn, và hoàn toàn đánh giá cao hậu quả của sự từ chối này, ông đã tập hợp lực lượng của mình trong sự vội vàng. Sam Mirza trả đũa bằng cách tuyên bố Teimuraz I bị phế truất và thay thế ông bằng người yêu thích của mình, một hoàng tử Gruzia có tên Khusraw Mirza (Rostom), người đóng vai trò quan trọng trong việc củng cố quyền lực của Sam Mirza sau cái chết của Shāh Abbās Đại đế năm 1629.[76] Teimuraz I trốn thoát sang Imereti và ở đó đến năm 1636, thông qua hòa giải của Rostom, Teimuraz I đã được ân xá và được xác nhận là vua của Kakheti bởi Sam Mirza, đó là lần làm vua thứ tư của ông.[77]

• Heraclius I (tại vị:1675-1676, phục vị:1703-1709)

Năm 1675, Heraclius I nhận được từ Hoàng đế Ba Tư công nhận quyền của mình đối với Kakheti và thay thế Artchil I, người trong lúc đó kết hôn với em gái của mình là Công chúa Khetevan để cố gắng hợp pháp hóa việc gia nhập ngai vàng Kakheti.[78] Tuy nhiên, Heraclius I từ chối chấp nhận Hồi giáo, ông bị trục xuất khỏi Kakheti vào năm sau, chính quyền của đất nước sau đó được giao phó cho các nhà lãnh đạo từ Ba Tư phái đến.[79] Tiếp đó Heraclius I chuyển sang Karthli, hai lần tranh ngôi tại đây với George XI, danh hiệu là Nazar Alī Khān (1688-1692, 1695-1703). Năm 1703, Hoàng đế Ba Tư Soltan Hossein quyết định trả ngôi vua Karthli cho George XI nhưng lại giao cho ông ta một đội quân chống lại cuộc nổi dậy của người Afghanistan, anh trai Levan của Karthli mới là người cai trị trực tiếp xứ đó.[80] Heraclius I cũng được công nhận lại ngai vàng của Kakheti, nhưng ông cũng không được phép trở về đất nước, quyền hành thực sự do con trai cả David Imam Quli Khān nắm giữ.[81]